Michel Wackenheim est le dernier-né d'une famille de quatre garçons dont trois sont prêtres. L'aîné, Joseph, mort en 2008, était médecin à Gueugnon ; Charles, professeur émérite de la faculté de théologie catholique de Strasbourg, vit retiré à Mertzwiller ; Gérard, ancien curé de Griesheim-sur-Souffel et de Wissembourg a exercé un ministère au Honduras de 2000 à 20121.
Il a fait ses études secondaires au collège de Landser, chez les pères Salésiens1. Après une année de Lettres modernes, il entre au Grand Séminaire de Strasbourg en 19661 et plus tard à l'Institut supérieur de liturgie de Paris. Il a aussi fréquenté le Conservatoire de musique (classes d'écriture et de direction) et l'Institut de musicologie de Strasbourg.
Il a été ordonné prêtre par Mgr Léon-Arthur Elchinger en la cathédrale Notre-Dame de Strasbourg le 27 juin 19711. Il est nommé vicaire à la paroisse Saint-Maurice de Strasbourg puis en 1974 vicaire à la cathédrale1 où il crée la Schola Grégorienne.
En 1981, il est nommé curé de la paroisse de Niederhaslach, puis en 1986 des paroisses d'Ittenheim et d'Achenheim1, dont il rénove l'église et où il propose, une fois par mois, une messe en alsacien. En l'an 2 000, il est nommé curé de la paroisse Saint-Louis de La Robertsau1.
Mgr Jean-Pierre Grallet, archevêque de Strasbourg, le nomme chanoine du Chapitre le 29 juin 20091 et archiprêtre de la cathédrale Notre-Dame de Strasbourg le 27 septembre 20092.
Michel Wackenheim est depuis 2009 membre du comité qui supervise l'horloge astronomique de la cathédrale de Strasbourg.
Passionné par le chant liturgique et la musique sacrée, Michel Wackenheim crée plusieurs chorales d'enfants et publie de nombreux disques de musique religieuse. En 1980, il interprète l'album À chaque jour suffit sa rose concçu avec les paroliers Pierre Delanoé et Claude Lemesle et les musiques de Jean-Pierre Goussaud3.
Grâce aux évolutions qui suivent le concile Vatican II, il œuvre au renouveau du chant liturgique avec Joseph Gelineau, Lucien Deiss, Mannick, Jo Akepsimas4… Il compose près de mille chants et chansons, notamment les chants liturgiques très connus comme Christ est venu4, Toi Notre Dame, Foule vivante dont une centaine de chants pour célébrer la liturgie eucharistique5,1. Il est le directeur d'une chorale de jeunes, Les Colibris, qu'il dirige depuis 19916.
À partir de 2004, Mgr Joseph Doré, archevêque de Strasbourg, le nomme responsable diocésain de liturgie, de musique sacrée et d'art sacré2, fonction qu'il occupe jusqu'en 2009.
Au sein du Groupe Bayard, de 1975 à 2010, il est rédacteur en chef de Signes d'aujourd'hui; et de 1990 à 2010 de Signes musiques3. En 2020, il demeure conseiller éditorial pour le groupe4.